The Twin Snakes được phát hành vào ngày 9 tháng 3 năm 2004 ở Bắc Mỹ. Lúc đầu game dự tính được phát hành vào tháng 11 năm 2003, nhưng bị dời lại, cùng với các phiên bản khác.[10] Ngày phát hành ở châu Âu cũng bị lùi lại trong vài tuần.[11] Tại Nhật Bản The Twin Snakes được phát hành vào ngày 11 tháng 3 kèm theo gói Premium Package độc quyền. Hộp bao gồm một bản game chính; một máy GameCube màu bạch kim được trang trí logo FOXHOUND; một quyển sách 44 trang nhan đề Memorandum có chứa các ghi chú sản xuất, phác họa và hình ảnh; và một đĩa GameCube gọi là "Special Disc" chứa một phiên bản mô phỏng bản Metal Gear gốc trên Family Computer và cuốn hướng dẫn của The Twin Snakes.[12]